Das Bayerische Landesamt für Steuern hat unter anderem die umsatzsteuerliche Behandlung von Universitätskliniken vor dem Hintergrund ihrer öffentlich-rechtlichen Doppelstruktur konkretisiert. Die genannten Institutionen handeln sowohl als staatliche Einrichtungen als auch als rechtsfähige Personalkörperschaften des öffentlichen Rechts, was umsatzsteuerlich zu Abgrenzungsfragen führt. Universitätskliniken sind als eigenständige Anstalten eng in dieses System eingebunden. Maßgeblich für die umsatzsteuerliche Einordnung ist nicht die interne Organisation, sondern der Außenauftritt im Rechts- und Wirtschaftsverkehr. Je nach Auftreten werden sie dem staatlichen oder dem körperschaftlichen Bereich zugeordnet. In beiden Fällen können die Institutionen grundsätzlich Unternehmer sein.
Staatliche Finanzzuweisungen an Universitätskliniken sind mangels Leistungsaustauschs grundsätzlich nicht umsatzsteuerbar. Die Zuweisungen werden nur haushaltsmäßig abgebildet. Tätigkeiten sind regelmäßig dem staatlichen Bereich zuzuordnen, wenn staatliche Ressourcen im Rahmen des Staatshaushalts eingesetzt werden (z.B. in der Forschung). Nur ausnahmsweise kommt der Körperschaftsbereich bei ausschließlichem Einsatz eigenen Vermögens zum Tragen.
In der Universitätsmedizin sind Kooperationsleistungen überwiegend nicht steuerbar, während insbesondere die Auftragsforschung regelmäßig der Umsatzsteuer unterliegt. Die getrennten Bereiche sowie Universitätskliniken erfordern regelmäßig eigene steuerliche Erfassungen. Zur Vereinfachung können Organisationseinheiten gebildet werden. Zuwendungen und Schenkungen sind mangels Leistungsaustauschs grundsätzlich nicht umsatzsteuerbar und werden regelmäßig dem Körperschaftsbereich zugeordnet.
